נוסח היסוד מבוסס על מהדורת מו"ר הרב קאפח זצ"ל, שנערכה על פי כתבי היד התימניים שהיו ברשותו, מתוך הכרעה מלומדת ומבוססת בין כתבי היד. כבר יצא בעולם כולו טיבם וטבעם המעולה של כתבי יד תימן, וכפי שכתבו עורכי הנוסחאות במהדורת פרנקל בראש "ילקוט שינויי הנוסחאות":
על טיבם של המקורות ראינו להעיר בקצרה: ספרי תימן בני סמכא הם יותר מכולם. מפורסמת הצטיינותם של בני תימן מכל שבטי ישראל בדייקנותם ובהקפדתם הנפלאה לא לשנות מן המקובל. וידוע שהיו ספרי רבנו עיקר לימודם במשך כל הדורות. מתוך ספריהם מוכח שלא העיזו מעתיקיהם לשנות כלום ממה שהיה לפניהם. גם ניכר שהיו הסופרים בני תורה יותר מחבריהם בשאר ארצות הגולה, שבהם היו רוב הסופרים פועלים שכירים ולא למדנים. וכל הרוצה לדון בענייני דקדוק לשונו של רבנו ראוי לו לתפוס עיקר את נוסח תימן כפי שימצאנו במדור שינויי נוסחאות.
לכך יש להוסיף שבני תימן פסקו על פי הרמב"ם בכל דבר, למעט חריגים שנער יִסְפּרם. ובכלל, קשריהם של בני תימן עם הרמב"ם וקשריו עמהם אינם זקוקים להוכחה. נוסח הרמב"ם שימש להם הלכה למעשה מסורת קבלה חיה ושוקקת, והרי "הקבלה והמעשה עמודים גדולים בהוראה, ובהן ראוי להיתלות" (הלכות שמיטה ויובל י,ו). גם סדר התפילה של הרמב"ם (בסוף ספר אהבה) מגלה זהות כמעט מושלמת בהשוואה לנוסח התפילה התימני העתיק.
בדור האחרון נעשו בירורים חשובים רבים בדרכי הכרעת הנוסחאות של החיבור על ידי עורכי המהדורות המדויקות, תלמידי חכמים ומלומדים. בניסיון לשכלל את הנוסח עד מקום שידנו מגעת, השווינו את נוסח היסוד לנוסח מהדורות מדויקות אלו. במקומות שהמהדירים חלוקים ביניהם בדבר הנוסח המתוקן, רשמנו בשולי ההלכה את הנוסח האחר בלי להכריע ביניהם, והלומד יבחר את הנוסח שהוא מעדיף. השתדלנו בדרך זו לכלול את עבודת המהדורות השונות ואת דרכי הכרעותיהן בין כתבי היד ולהניח לפני הלומדים דבר שלם שאינו שנוי במחלוקת.
לפנינו עמד גם תצלומו של כתב יד אוקספורד 577 (הונטינגטון 80) - כתב יד עתיק ומשובח המחזיק את הספרים המדע ואהבה שאושר על ידי רבנו בסוף ספר אהבה, לפני סדר התפילה, בכתב ידו: "הוגה מספרי, אני משה ברבי מימון זצ"ל". כתב היד הועתק כנראה מכלי שני או שלישי, ועל כן לא היה באיכות טובה, ולאחר מכן הוגה מספרו של הרמב"ם והושבח נוסחו. מכל מקום ודאי שאינו כ"ספר העזרה" ואינו נקי משגיאות. ואולם מעלתו העיקרית היא בהגהות שנעשו בו, ברובן על ידי העברת קו מעל המילים או על גביהן לצורך מחיקתן. אך מי ידע לומר על כל הגהה והגהה איזו נעשתה מתוך ההשוואה ואיזו לא? איזו נעשתה על ידי הסופר בשעת ההשוואה ואיזו נוספה בשנים שלאחר מכן? ובמילה שאינה מוגהת, המתוקנת היא או שנעלמה מעיני המגיה?
לכן, גרסנו כגרסת כתב יד זה רק במקומות שבהם הגרסה מאושרת מכתבי יד מעולים ועדי נוסח מהימנים אחרים. וכשניכר היה שנוסחו משובח מנוסח כתבי היד האחרים, אף לא הערנו על הדבר. כך לא ציַּנּוּ שינויי נוסח שאין בהם כדי שינוי משמעות.
מהדורתנו הושוותה באמצעות הגהת צוות מגיהים וכלים ממוחשבים עם נוסח כל המהדורות המדויקות הנזכרות לעיל באדיבות המהדירים. במקרים חשובים של ספק, אף טרחנו לבדוק את הנוסח בכתבי יד תימניים עתיקים נוספים, שתצלומיהם נמצאים במכון לתצלומי כתבי יד עבריים שבבית הספרים הלאומי והאוניברסיטאי בירושלים. באמצעות כל זאת עלה בידינו בסייעתא דשמיא לנכש טעויות סופר רבות שנפלו במהדורת קאפח.

הרמב"ם חילק את ההלכות ליחידות קצרות, "כדי שיהיו סדורים על פה" (הקדמה, מ). סימן של סגול הפוך ולאחריו רווח הבדיל בין הלכה לחברתה. ואולם החלוקה שבכתבי היד של החיבור נשתבשה בידי מדפיסי החיבור, ובמהדורת הדפוס הנפוצה ביותר, דפוס ורשא-וילנא, מצינו מאות רבות של הלכות שאינן מתאימות לחלוקה שבכתבי היד, אם משום שכמה הלכות בכתבי היד אוחדו בדפוסים להלכה אחת אם להיפך. לכן החלטנו להחזיר עטרה ליושנה באופן בולט וברור, ולהביא את תחילתן של ההלכות שבכתבי היד בשורה חדשה ולהניח רווח מוגדל בין הפסקאות. הדבר נעשה על פי מהדורת קאפח ושאר המהדורות, ועל פי מהדורת פרנקל, שחלוקת ההלכות שבה מבוססת, כעדות עורכיה, על "כתבי יד של ספרי הרמב"ם שבאו מתימן, הידועים כמדויקים ומוסמכים ביותר, ומסתבר שלא שינו כלום מחלוקת ההלכות שעשה רבנו".
הרמב"ם לא מִספֵּר את הלכותיו. מספור ההלכות הנרחב בא עם הדפוסים הראשונים. במהדורה זו לא ראינו עניין למספר את ההלכות שבכתבי היד, לא רק משום שאין חלוקה מוסכמת ואחידה ביניהם בעניין זה, אלא בעיקר משום שהמספור הכפול (הדפוס וכתבי היד) מבלבל מאוד, ומשום שמחברי הספרים לא הפנו לדברי רבנו על פי חלוקת ההלכות שבכתבי היד. כל תחילת הלכה כפי שיצאה מתחת יד הרמב"ם סומנה במהדורתנו כתחילת פסקה, כאמור, ובלא מספור. מספור ההלכות נעשה על פי דפוס ורשא-וילנא הנפוץ, שכבר קנה לו חזקה בהפניות מכל הספרות התורנית. הלומד יכול להתרשם בעצמו מן החלוקה המקורית והטובה של ההלכות ומן העיוות שנגרם בשל החלוקה המשובשת שבדפוסים. רק את ההלכות בנספחים (ההקדמה, נוסח ההגדה וסדר התפילה), שלא סומנו באותיות בדפוסים, מִספַּרנו על פי החלוקה בכתבי היד.

נוקדו בהתאם לנמצא בנוסח המסורה על פי כתבי תימן המדוייקים ביותר.
הפסוקים נוקדו על פי מסורת תימן ומסורת כתר ארם-צובה.

קרי וכתיב: מילים מן המקרא שיש להן מסורת קרי שונה מן הכתיב, באות כפי שנהג רבנו, כקריאתן במקרא ולא ככתיבתן.

דילוג במובאות מן המקרא: כל מקום שכתוב בכתבי היד "וגו'" או "וכו'", המרנו את הקיצור בשלוש נקודות. ואם הדילוג אינו מצוין בכתבי היד, רשמנו במקומו שלוש נקודות בתוך סוגריים מרובעים: [...].

כתיב שם הוי"ה: בכתבי יד בא שם ה' בשלושה יו"דין "ייי", כשפעמים היו"ד האמצעית או השלישית מוגבהת מחברותיה. על מנת לשמר כתיב זה, אך יחד עם זאת לא לסרבל את עין הלומד, הסתפקנו בשתי יו"דין.

ציוני המקורות: כל מופעי הפסוקים במקרא סומנו מחדש (כפי שכבר קדמונו בשאר המהדורות). הרמב"ם ציטט כ-4000 מופעי פסוקים בעל-פה מזיכרונו המופלא, ועל כן לפעמים נפלו בהם שינויים קלים מן המסורה. במקרים אלו השארנו את נוסח רבנו המקורי, והערנו על נוסח הפסוק בסוגריים של ההפניה, כגון: '"לא תסור מכל הדבר" (דברים יז,יא; ושם: מן הדבר)'. וכשהשוני הוא באות אחת בלבד, השלמנו את האות בסוגריים מרובעים (לציון אות שנמצאת בפסוק ולא בדברי רבנו) או עגולים (לציון אות שרבנו כתבה אך אינה בפסוק). וכשצירף רבנו פסוקים ממקומות אחדים, כתבנו את מקורות הפסוקים בהקדמת הלשון "בשילוב", כגון: "ונתן את הכסף וקם לו" (בשילוב: ויקרא כז,כג; כז,יח-יט).
וכאן יש לציין כי כשיש הבדלים בין כתבי היד של החיבור בציטוט פסוקים, העדפנו את הנוסח המתאים למסורה.

האיורים במהדורה זו צוירו מחדש מעשה אומן על פי מהדורת קאפח. כשהדבר אפשרי, כגון בציור המנורה, המזבח או ההיכל, הקפדנו על היחס בין חלקי האיור לפי קנה מידה. קטעי כתיבת הסת"ם ב"ספר אהבה" נכתבו מחדש על פי מסורת תימן, כגון כתיבת הפ"א הלפופה בשירת הים.

מהדורה זו כוללת את המפתחות הבאים:

שני מפתחות לספרי הרמב"ם ולחטיבות ההלכות - כסדרן ובסדר הא"ב. המפתחות מובאים בצדיה הפנימיים של הכריכה, ומספקים התמצאות קלה בין י"ד הספרים וחטיבות ההלכות. בכריכה האחורית נמצא גם מפתח האיורים.

מפתח תרי"ג מצוות. בתיאור מבנה הספר שבהקדמה (עמ' 32-23), הובא בכל מצוה מקורה במניין המצוות הקצר (עמ' 22-6). בכך מספק המפתח גם התמצאות והשוואה בין "ספר המצוות" של הרמב"ם לבין פירוטן בספר "משנה תורה".

מפתח נושאי הפרקים לפי סדר ההלכות. מפתח זה נועד לתת לקורא מבט כללי ומפרט את העניין הנידון בקבוצת פרקים או עניין הנידון בפרק אחד. מטרת מפתח זה לחשוף מעט את מבנה הנושאים הנידונים בכל חטיבת הלכות.

מפתח נושאי הפרקים לפי סדר א"ב. מפתח זה כולל מספר מצומצם של ערכים ראשיים והפניות לריכוז ההלכות שהם נידונים בהן. הפניות אלו נחוצות בייחוד כשנושאים שלמים נידונים במקומות שאינם צפויים במבט ראשון, כגון נושאי גיור הנידונים בהלכות איסורי ביאה, כיבוד הורים בהלכות ממרים ועוד.

מפתח מידות ומשקלות. במפתח זה מובאים עקרונות המדידה ופרטי המידות: מידות אורך שטח ונפח, מידות שקילה וכספים ומידות זמן.

מילות הקדמה נמצאות בראש כל מפתח.