נוסח היסוד מבוסס על כתבי יד תימן שערך וההדיר מו"ר הרב קאפח זצ"ל. כבר יצא בעולם כולו טיבם וטבעם המעולה של כתבי יד תימן, וראה מה שנכתב במהדורת פרנקל בראש "ילקוט שינויי הנוסחאות" על שִבְחָם של כתבי יד אלו ועל מהימנותם:
"על טיבם של המקורות ראינו להעיר בקצרה: ספרי תימן בני סמכא הם יותר מכולם. מפורסמת הצטיינותם של בני תימן מכל שבטי ישראל בדייקנותם ובהקפדתם הנפלאה לא לשנות מן המקובל. וידוע שהיו ספרי רבנו עיקר לימודם במשך כל הדורות. מתוך ספריהם מוכח שלא העיזו מעתיקיהם לשנות כלום ממה שהיה לפניהם. גם ניכר שהיו הסופרים בני תורה יותר מחבריהם בשאר ארצות הגולה, שבהם היו רוב הסופרים פועלים שכירים ולא למדנים. וכל הרוצה לדון בענייני דקדוק לשונו של רבנו ראוי לו לתפוס עיקר את נוסח תימן כפי שימצאנו במדור שינויי נוסחאות". (1)

לכך יש להוסיף כי בני תימן פסקו על פי הרמב"ם בכל דבריהם (למעט חריגים שנער יִסְפּרם). קשריהם של בני תימן עם הרמב"ם וקשריו עמהם אינם זקוקים להוכחה. נוסח הרמב"ם שימש להם הלכה למעשה, מסורת קבלה חיה ושוקקת. והרי "הקבלה והמעשה עמודים גדולים בהוראה, ובהן ראוי להיתלות" (הלכות שמיטה ויובל י, ו). גם סדר התפילה של הרמב"ם (בסוף ספר אהבה) הוא על פי כתבי יד תימן, אשר מגלה זהות כמעט מושלמת בהשוואה לנוסח התפילה התימני העתיק!

מהדורתו של הרב קאפח, שאינה מבוססת על פי כתב יד בודד, ואף לא על פי רוב כתבי היד, אלא הכרעה מלומדת ומבוססת בין כתבי היד - יש בה כדי למעט את הסתייגותם של עורכי חילופי הנוסח במהדורת פרנקל בהמשך הציטוט הנזכר: "יש להעיר כי בספרי תימן מצוי על פי רוב הנוסח הראשון שכתב רבנו בספרו, ולא הלשונות שתיקנם רבנו אחרי שהושלם ספרו ונתפשט". אף על פי כן, במקומות שהעורכים השונים חלוקים בהם על הנוסח המתוקן, רשמתי בשולי הההלכה ולמול עין הקורא את הנוסח הנוסף ללא תוספת מילות הכרעה או הערכה, והקורא היקר ישפוט איזה נוסח עדיף עליו. בכך מהדורה זו נותנת מענה ללא עוררין גם להסתייגות זו, והופכת למהדורה אמינה בעיני כול.

לפנינו עמד גם צילומו של כתב יד אוקספורד (הונטיגטון 80), כתב יד משובח המכיל את הספרים מדע ואהבה והנושא את אישורו של רבנו בסוף ספר אהבה, לפני סדר התפילה, בכתב יד קודשו: "הוגה מספרי, אני משה ברבי מימון זצ"ל". נראה כי כתב יד זה הועתק מכלי שני או שלישי, והובא להשוואה ולהגהה לספרו של הרמב"ם, ואף על פי כן כתב יד זה בוודאי שאינו כ"ספר העזרה" ואינו נקי משגיאות (ראה מהדורת הר"י שילת). כוחו הוא בהגהותיו, שרובם נעשו בהעברת קו מעל למילים או על גבי המילים עצמן לצורך מחיקתן, (2) אך מי ידע לומר על כל הגהה והגהה איזו נעשתה מתוך ההשוואה, ואיזו לא?! איזו נעשתה על ידי הסופר בשעת ההשוואה, ואיזו נוספה שנים לאחר מכן?! לכן, מבלי להכריע, עד שיתברר לנו הדבר מתוך עיון ולימוד בכל הגהה והגהה, השארנו את נוסחנו כפי שהוא, וליד הנוסח ממש, רשמנו את נוסח כתב יד אוקספורד. יש להעיר כי פעמים רבות מאוד תיקונים והגהות שנעשו בכ"י אוקספורד, כבר נמצאים בכתבי יד תימן. לא הערתי על אלה, וכפי שנבאר, לא הערתי גם על שינויי נוסח שאין בהם שום שינוי משמעות.

מהדורה זו הושוותה באמצעות כלים ממוחשבים באופן מקיף ומעמיק עם נוסחים מדויקים של כתבי יד שיצאו בדורנו ובאדיבות עורכיהם: מהדורת "יד פשוטה", מהדורת "רמב"ם מדויק", מהדורת "מכון ממרא" עם מהדורת פרנקל בהערותיהם וב"ילקוט שינויי הנוסח" על פי כתבי היד. מתוך כך עלה בידינו לחשוש לטעויות סופר רבות במהדורת קאפח, בין שהושמטה מילה בין שנוספה, בין שטעו בין המילים הדומות או במספר מילים שדולגו. גם אם נתבסס החשש על ידי בדיקה בסימון חילופי נוסח שבמהדורת פרנקל, הדבר תוקן רק לאחר ודאות מוחלטת שאכן כך הוא הנוסח, ודאות אשר נרכשה, לאחר שנזדרזנו ועיינו בכתבי היד שהר"י קאפח השתמש בהם (פרטים נוספים ימצאו באתר הישיבה). בשום מקום לא ראינו לעדכן את הנוסח העיקרי מתוך סברה, אם לא מצאנו כ"י מהימן התומך בה. מתוך ההשוואה גם עלה בידינו לסמן חילופי נוסח משמעותיים בלבד, לא אלו של מ"ם או נו"ן סופיות, לשון נקבה או לשון זכר וכדו'. (3) ניסינו להעמיד את המטרה שלשמה נערכה מהדורה זו, וביודענו כי כל חילוף נוסח "גונב" את תשומת הלב, שאלנו את עצמנו האם הערת הנוסח שווה. (4) אנו מקווים שעלה הדבר בידינו והיטבנו לעשות, ונראים הדברים – בייחוד עם תוצאת ההשוואה כי מספר המקומות שהשינוי בהם הוא גדול ומהותי הוא למעשה מועט ביותר – שהרי במהדורתנו, לשון הרמב"ם המדויקת תופסת את עיקר הדף ולא חילופי הנוסח. (5)

כאן יש לומר כי לאמיתם של דברים, משעה שאדם משתמש במהדורות המבוססות על כתבי יד משובחים (לא מהדורות דפוס), מספר חילופי הנוסח המשמעותיים שאינם ענייני ניסוח אלא הכרע הלכתי שונה (כדוגמת מה"ב או מה"ק), אינם רבים כלל וכלל. במהדורה זו כללנו הערות גם מדרגת חשיבות שנייה, שדיוק הלשון יכול לשנות דיוקי משמעות. כך שהגענו בממוצע לפחות מהערה אחת לפרק. ספר זה נכתב לכל העם; ולכן אין טיבה של מהדורה זו בהבאה ביקורתית של כל חילופי הנוסח, שאין הם מעניינו של הקורא הרגיל, אלא מענייניו של הלמדן המבקש לעמוד על הבנת לשונותיהם של המפרשים השונים ולהבין את פרשנותם המוסבת על הנוסח שעמד לפניהם. אילו היינו משווים את נוסחנו לנוסח וילנא הנפוץ, היינו חורגים מן המסגרת והנוסח העיקרי היה נהפך לטפל עם העיסוק האין-סופי בהשוואה לנוסחים משובשים, אף אם יש מקום לעסוק בהם בהבנת דברי מפרשים מסוימים. חילופי הנוסח כללו בדיקה של שו"ת הרמב"ם (6) (ההפניות למהדורת בלאו), שו"ת ר' אברהם בן הרמב"ם וכן שו"ת ר"י הנגיד עם ציון המקומות שנוסחנו שונה בהם מן המצוין שם. בדרך כלל תאמו אלו את נוסח הפנים שלנו. מיעטנו ככל האפשר בהערות חילופי נוסח, ולא ראינו עניין אמיתי לציין אותם, אף אם בכך תקבל גרסתנו משנה תוקף.

הטקסט נדפס בכתיב חסר.

הרמב"ם לא פיסק את חיבורו, אך אנו הוספנו להקלת הקריאה ולמרוצתה, פיסוק חלקי בלבד הכולל רק נקודה ופסיק מלבד גרשיים לציטוט הפסוקים.

כל ראשי התיבות נפתחו.

אין עקביות באותיות מ"ם ונו"ן סופיות, שכן כך גם אין עקביות בכ"י רבנו במשנה.

כוכבית (*) באמצע נוסח הפנים משמעותה הפניה למדור חילופי הנוסח שבשוליים. מקרא הסימונים בחילופי הנוסח:
א - אוקספורד הוא כ"י החתום (סימון מיוחד בשל חשיבותו).
ד - דפוסים (בעיקר לחלוקת ההלכות ולמספורן).
י - "יד פשוטה" (סימון מיוחד, פעמים גם בשל הפרשנות המלווה).
כ - כתבי יד אחרים מעולים (גם מהדורת הרב שילת).
ק - קאפח (הערות לחילופי נוסח בהערותיו).
ש - הערת הרב שילת.
מה"ב ומה"ק – מהדורה בתרא (אחרונה) ומהדורה קמא (ראשונה).
הסימן + בחילופי הנוסח משמעותו שיש להוסיף את הנוסח המוצע במקום שהכוכבית נמצאת בו. אם לא צוין הסימן הנ"ל משמעותו שיש להחליף את הנוסח הקיים (בגוף ההקשר עד לסימן הכוכבית) בנוסח המוצע במדור חילופי הנוסח.

התיבה "של" חבורה תמיד לתיבה שלאחריה ("שלשבת" = "של שבת") מתוך נאמנות לכתבי היד, וכשימוש לשון חכמי המשנה וכל חכמינו הראשונים. יש מקומות שהפרדת התיבה אף עלולה הייתה להעלים את יידוע התיבה שלאחריה ("שלשבת" = "של השבת"). נוכחנו לדעת כי ההרגל בקריאת "של" חבורה לשלאחריה, נקנה בזמן קצר; ויש בכך כדי להביא את הקורא לשימת לב ללשון חכמים, לסגנונם המיוחד ולמשמעותם השונה פעמים רבות מלשון ימינו.

הרמב"ם חילק את הלכותיו ליחידות קצרות כדי לשננם: "וכל פרק ופרק אחלק אותו להלכות קטנות כדי שיהיו סדורים על פה" (הקדמה מ). סימן של סגול הפוך ורווח הבדיל בין הלכה לחברתה. בדפוסים, נשתבשה חלוקה זו, וחלוקה אחרת, שונה ומשונה נתקבלה עם הדפוסים הראשונים; כך שבמהדורת הדפוס הנפוץ ביותר "דפוס וילנא", ישנם מאות שיבושים של חלוקת הלכות לא נכונה, גדולה מדי (כלומר מספר אחד הכולל הלכות אחדות), ולפעמים הלכה אחת מקוטעת. במהדורה זו החזרנו עטרה ליושנה באופן בולט וברור: כל הלכה חדשה בכתבי היד נפתחה בפסקה חדשה. ההלכות חולקו על פי מהדורת כתבי היד של הרב קאפח ועל פי חלוקת ההלכות במהדורת פרנקל, שגם היא נעשתה כעדותם על פי "כתבי יד של ספרי הרמב"ם שבאו מתימן, הידועים כמדויקים ומוסמכים ביותר, ומסתבר שלא שינו כלום מחלוקת ההלכות שעשה רבנו". (רשימת ההבדלים בין חלוקת מהדורת קאפח למהדורה זו, תפורסם באתר הישיבה).

הרמב"ם לא מִספֵּר את הלכותיו. מספור ההלכות הנרחב בא עם הדפוסים הראשונים. במהדורה זו לא ראינו עניין למספר את ההלכות שבכתבי היד, לא רק משום שאין חלוקה מוסכמת ואחידה בין כתבי היד, אלא בעיקר משום שהמספור הכפול (הדפוס וכתבי היד) מבלבל מאוד, ואין בספרות הפניות למספור זה. מספור ההלכות נעשה על פי דפוס וילנא הנפוץ, אשר כבר קנה לו חזקה וקביעה בהפניות השונות מכל הספרות התורנית. הקורא יכול להתרשם בעצמו מן החלוקה המקורית והטובה של ההלכות ומן העיוות שנגרם בשל חלוקת ההלכות הישנה. (7) רק את ההלכות בנספחים (ההקדמה, נוסח ההגדה וסדר התפילה), אשר לא סומנו במספרים במהדורות הדפוסים, מִספַּרנו על פי חלוקתו של הרב קאפח.

נוקדו בהתאם לנמצא בנוסח המסורה על פי כתבי תימן המדוייקים ביותר.

"קרי" ו"כתיב": במקומות שנוסח ה"קרי" שונה בהם מנוסח ה"כתיב" ללא הניקוד (כגון "הוא" הנקרא "היא"; "לנער" הנקרא "לנערה" וכדו') העתקנו את נוסח ה"כתיב" כפי שנמצא בכתבי היד, וסימַנּו כך: (היא)[הוא].

סימון פסוקים: במקום שנכתב בו "וגו'" או "וכו'" רשמנו שלוש נקודות (...) כמקובל. כן רשמנו שלוש נקודות במקומות שיש בהם דילוג על חלקי פסוק שאינו מסומן בכתבי היד. בהבאת רצף פסוקים סימַנּו נקודה (.) בסיום פסוק.

כתיב שם הויה: בכתבי היד נמצא שם ה' כתוב בשלושה יודין "ייי", (8) כשפעמים היו"ד האמצעית מוגבהת מחברותיה. על מנת לשמר כתיב זה, אך יחד עם זאת לא לסרבל את עין הקורא - רשמנו את שם השם בשני יו"דין.

ציוני מקורות: כל מופעי הפסוק בתנ"ך סומנו מחדש (כבר קדמונו במהדורת "מכון ממרא"). אם היו יותר משלושה מופעים כתבנו "ועוד". הרמב"ם ציטט כ-4000 מופעי פסוקים בעל-פה; בציון פסוק שלא כצורתו לפי המסורה, (9) סימַנּו בסוגריים עגולים את המקור מכתבי היד ובמרובעים את התיקון, כגון: "לא תסור (מכל) [מן] הדבר" (דברים יז, יא). במקרה שהפסוק הוא יצירה "משולבת" של מספר פסוקים, כתבנו את מקורות הפסוקים בצירוף התיבה "בשילוב".

צוירו מחדש מעשה אומן על פי מהדורת קאפח. במקומות שהדבר אפשרי בהם - כמו בציור המנורה, המזבח וההיכל - הקפדנו על קנה מידה אחיד (פרופורציה) קטעי כתיבת הסת"ם בספר אהבה נכתבו מחדש כבמסורת תימן (שים לב לדוגמא לאות פה הלפופה בשירת הים).

מהדורה זו כוללת את המפתחות הבאים:

2 מפתחות לספרי הרמב"ם ולחטיבות ההלכות, כפי סדרן, וכפי סדר הא"ב.

2 מפתחות לתרי"ג מצוות, תיאום בין מניין המצוות במבנה הספר שבהקדמה לבין מניין המצוות הקצר.

מפתח לכאלפיים פסוקים מן המקרא עם לשון הפסוק המצוטט, והפניות מלאות לכל מקוריהם ב"משנה תורה".

מפתח ערכים ומושגים.

מפתח אישים.

מפתח מידות ומשקלות.

מילות הקדמה נמצאות בראש כל מפתח.